超細粉碎機的環保問題主要是粉塵和噪聲、濕法粉碎時水的污染問題。

粉塵問題，在干式超細粉碎中，或多或少存在揚塵問題，給料口，排料口及風機密封處，由于粉體粒度細，易從密封不好的地方飛出。

解決的方法是盡量采用負壓系統，采用密封性好的粉碎設備和精細分級設備，必要時在粉碎車間裝設除塵系統，以確保車間潔凈生產，這對于顏料、染料、纖維類粉體和有毒粉體較為重要。

超細粉碎設備，均存在一定的振動和噪聲，特別是對于振動磨機、球磨機，噪聲達120dB，必要時專門設置隔離箱或隔離房，隔離粉磨設備。

現在已開發了一些低噪聲超細粉碎設備，例如塔磨機、攪拌磨機等可以優先采用。但是，超細粉碎環境惡劣，不同的行業要求也不一樣，在礦業、耐火材料、煤炭行業等工業中，條件相對較差，而在藥品、食品等工業中就需要潔凈。不管怎樣，降低噪聲勢在必行。

濕法超細粉碎，不管采用何種工藝，特別是精細陶瓷、粉末冶金、無機非金屬材料等工業中，應用的水、油或酒精是可以循環利用的。這就需要在脫水（或油）后的水或油要過濾，在保證不污染原料的情況可以循環應用。

超細粉碎是許多工業生產中的一個單元操作，環保問題應在具體的工況中綜合考慮。